A PRESSÃO EVOLUTIVA E NOVAS VARIANTES DE ÔMICRON, FAZEM PANDEMIA CRESCER EM RITMO LENTO, COM CASOS LEVES E MODERADOS GRAÇAS À VACINAÇÃO

  Com pressão evolutiva e novas variantes da ômicron, pandemia continua crescendo em ritmo lento, mas casos são leves e moderados graças à vacinação

Para o presidente do Butantan, Dimas Covas, o SARS-CoV-2 avança e sofre novas mutações à medida que a pandemia continua

Publicado em: 01/07/2022

Ainda que o número de infecções por Covid-19 continue aumentando e pressões evolutivas levem ao surgimento de novas variantes do SARS-CoV-2, não devemos ter um aumento expressivo de óbitos porque a vacinação completa vem impedindo o agravamento da doença para internações e mortes. Essa é a opinião do presidente do Instituto Butantan, Dimas Covas, para quem os imunizantes atualmente em uso no Brasil têm oferecido proteção inclusive contra a variante ômicron do SARS-CoV-2, cepa predominante no mundo e que tem dado origem a diferentes sublinhagens.

“A pandemia está crescendo. Em um ritmo lento, mas está. Isso não significa que vamos ter aumento de óbitos. O que estamos observando é que, mesmo que aumentem as infecções, em função da vacinação os casos são leves ou moderados”, explica o médico hematologista, que também é professor da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo. “Mas continuamos a ter óbitos e internações, principalmente nas pessoas que não completaram o esquema vacinal com terceira e quarta dose. Seria ilusório achar que a pandemia acabou.”

De acordo com o Painel Coronavírus do Ministério da Saúde, que utilizada dados do DataSUS, na 25ª semana epidemiológica de 2022 (de 19 a 25/6) foram registrados 368.457 novos casos de Covid-19 e 1.359 mortes. Já na 28ª semana epidemiológica de 2021 (11 a 17/7) haviam sido contabilizados 273.445 novos casos e 8.373 mortes. Isso indica que, em julho de 2021, quando apenas 30 milhões de brasileiros haviam completado o esquema primário de vacinação, a proporção era de 1 morte a cada 271 casos de Covid-19; atualmente, com 167 milhões de pessoas com as duas doses ou dose única, a proporção é de 1 morte a cada 28 casos.

 

Pressão evolutiva e escape vacinal

A evolução de um vírus é aleatória: não há como prever de que forma ele vai mutar. A ciência sabe, no entanto, que alguns elementos favorecem essa evolução. Essas pressões evolucionárias, às quais todos os seres vivos e vírus estão submetidos, dependem muito do ambiente em que o organismo está. “Essa evolução de variantes era desconhecida, embora esperada, e o SARS-CoV-2 evoluiu”, resume o presidente do Butantan.

O que não se previa, porém, era que houvesse uma evolução tão significativa no transcurso de uma pandemia – ainda que algo semelhante tenha acontecido na pandemia de gripe espanhola de 1918. Na época, o vírus causador da doença, influenza A H1N1, mutou e deu origem a diferentes variantes no curso da epidemia.

“Na pandemia de Covid-19, tivemos a introdução das vacinas. As vacinas que foram usadas, principalmente nos países desenvolvidos, agiam contra a proteína S [Spike], um pedaço específico do vírus. Isso é pressão evolutiva: seleciona naturalmente os vírus que acumulam mutações nessa proteína”, explica Dimas. Isso propiciou, no início, uma evolução em busca do escape vacinal – ainda que, na prática, a vacinação em larga escala tenha se revelado capaz de conter o avanço no número de mortes por Covid-19. “Esse é o panorama geral: tem as pressões seletivas e o vírus vai sendo selecionado à medida que a própria pandemia avança.”

Em um cenário de mutação do SARS-CoV-2, a CoronaVac, vacina de vírus inativado do Butantan e da farmacêutica chinesa Sinovac, está mais preparada para oferecer proteção, já que, em sua composição, contém o vírus inteiro. As vacinas que focam na proteína Spike são monoantigênicas, enquanto vacinas como a CoronaVac são poliantigênicas. “Elas resistem mais ao aparecimento de variantes, à seleção de variantes.”

Variantes, subllinhagens e vigilância genômica

Quanto mais um vírus circula em uma comunidade, mais rápida é a infecção por esse vírus e maior a possibilidade de ocorrerem mutações e surgirem novas variantes, que são aleatórias. Se, por outro lado, uma variante se dissemina com uma velocidade menor, ela leva mais tempo para atingir toda a população e demora mais para sofrer novas mutações. Foi nesse contexto que, em 2020 e início de 2021, muitas pessoas que ainda não tinham a imunidade estabelecida pela vacina foram infectadas pelas cepas delta e gama.

E então veio a ômicron, uma variante muito diferente de todas as que a antecederam e que causou a quarta e a quinta ondas de Covid-19 no Brasil e no mundo. Ela rapidamente se propagou por todo o mundo, tornando-se dominante e dando origem a sublinhagens, variantes muito semelhantes às linhagens das quais provêm. De acordo com a Organização Mundial da Saúde, a ômicron e suas sublinhagens são a única variante de preocupação (VOC, na sigla em inglês) do SARS-CoV-2 atualmente em circulação.

“Estamos vendo evolução dentro da ômicron. Começou com a BA.1, hoje na Europa já foi tudo BA.2 e agora rapidamente passando para BA.4 e BA.5, variantes de disseminação muito rápida. No Brasil a BA.1 atingiu mais de 70% dos casos e a BA.2 subiu com velocidade. Agora a BA.4 e BA.5 também crescem rapidamente. Isso explica a tendência do número de casos e de internações nas últimas semanas”, explica Dimas. Segundo a Rede Genômica Fiocruz, coordenada pela Fundação Oswaldo Cruz, o processo de substituição da linhagem BA.1 pela BA.2 já está consolidado, e a BA.2 atualmente responde pela maioria das amostras analisadas pela instituição. 

Números da Rede de Alerta das Variantes do SARS-CoV-2, coordenada pelo Instituto Butantan, mostram que desde o início de fevereiro a variante ômicron é a única identificada em todas as amostras analisadas do estado de São Paulo. Na 23ª semana epidemiológica (5 a 11/6), a Rede registrou um aumento de 22,05% na participação da variante BA.2 e suas sublinhagens em relação à semana anterior. Além disso, a tendência da ômicron de dar origem a sublinhagens vem sendo detectada há tempos pela Rede de Alerta. Entre maio e junho, algumas das sublinhagens registradas no estado de São Paulo foram BA.2.5, BA.2.9.2, XAG (primeira recombinante brasileira da ômicron, recombinação das linhagens BA.1 e BA.2), BA.2.7, BA.2.11, BA.2.13, BA.2.31, BA.2.36, BA.2.37, BA.5.1 e XM (recombinante entre BA.1.1 e BA.2). Em junho, a BA.4 e a BA.5 já representam mais de 15% das amostras sequenciadas.

Quando uma nova sublinhagem é detectada, os cientistas observam seus impactos em termos de gravidade da doença. Se o efeito for pequeno, a tendência é que a variante se dissemine e depois diminua sua participação. “Nós aprendemos a cada dia, a cada semana. A vigilância genômica é importante e o Butantan tem feito isso há algum tempo exatamente no sentido de permitir a identificação de variantes novas e a porcentagem delas na população”, conta Dimas.

Variante XAG, primeira recombinante brasileira da ômicron, é detectada em estados do sul e sudeste e em 6 países

A recombinação de duas linhagens da ômicron, a BA.1 e BA.2, foi reclassificada após detecção de mudanças no genoma

Publicado em: 20/06/2022

Amostras da primeira variante recombinante da ômicron originária do Brasil, a XAG, foram identificadas pela Rede de Alerta das Variantes do SARS-CoV-2, coordenada pelo Instituto Butantan, no estado de São Paulo. Pelo menos 35 amostras da XAG já foram identificadas no Brasil desde março deste ano, mas elas foram inicialmente classificadas como XQ, e reclassificadas como XAG em 14/6, após estudos mais detalhados do genoma da variante.

“Inicialmente, pensava-se que se tratava da variante recombinante XQ. Com o surgimento de mais dados de sequenciamento, foi possível concluir que, de fato, trata-se de uma nova recombinante com provável origem brasileira, sendo designada como XAG em 14 de junho de 2022”, explica o bioinformata da Rede de Alerta Alex Ranieri.

O especialista acredita se tratar de uma variante recombinante da ômicron brasileira pelo fato de a grande maioria dos casos terem sido detectados no país, embora ela já tenha sido identificada em outras cinco nações.

De acordo com Alex, ao menos 47 sequências da XAG, que é uma recombinação das linhagens BA.1 e BA.2 da ômicron (semelhante à variante XQ, mas com pequenas mudanças no genoma entre elas), já foram detectadas no mundo. A maioria delas foi encontrada no Brasil - 35 casos em cinco estados. Mais quatro casos foram identificados em Israel, três nos Estados Unidos, três na Dinamarca, um na Alemanha e um no Chile, segundo a plataforma Pango de notificação de variantes do SARS-CoV-2.

Diferença entre as recombinantes 

No Brasil, a maior circulação da XAG ocorre no Rio Grande do Sul, onde foram identificadas 25 sequências até 9/6, seguido do estado de São Paulo, com seis sequências identificadas (cinco delas pela Rede de Alerta), duas sequências identificadas em Santa Catarina, uma no Paraná e uma em Minas Gerais, detalha Alex.

O bioinformata afirma que as primeiras sequências no Brasil apareceram entre os dias 10 e 23/3 no Rio Grande do Sul. Outros 13 registros registrados pela rede foram feitos entre os dias 14 e 19/4, embora a maior quantidade de casos tenha sido identificada no mês de maio deste ano. 

A diferença entre as recombinantes XQ e XAG se consolidou à medida que mais sequenciamentos foram realizados pela Rede de Alerta. “A notificação foi feita somente em junho porque acreditava-se que estas sequências se tratavam de outra variante recombinante originária de mutações da ômicron. Mas com o surgimento de mais informações, foi possível chegarmos à conclusão de que na verdade se tratavam de uma recombinante nova, que é a XAG”, afirma.

Alex explica que a diferença entre uma recombinante e outra é basicamente o ponto da proporção do genoma entre elas. Isto é, as variantes recombinantes do vírus da Covid-19 estão atualmente sendo formadas pelas linhagens BA.1 e BA.2 da ômicron, com diferenças entre as proporções desse genoma. “No caso da XAG ela tem uma proporção do genoma diferente em relação à XQ e algumas outras pequenas mutações, que nos permitiram fazer essa diferenciação”, conclui o bioinformata.

Fonte:https://butantan.gov.br/noticias/variante-xag-primeira-recombinante-brasileira-da-omicron-e-detectada-em-estados-do-sul-e-sudeste-e-em-6-paises

Butantan e UFMG criam teste rápido de Covid-19 de baixo custo que detecta variantes da ômicron

Cientistas criam anticorpo monoclonal que diagnostica SARS-CoV-2 e suas mutações com tecnologia 100% nacional

27/06/2022 16h28Atualizada há 2 semanas

Por: João Luis Gomes FaustoFonte: Assessoria - Butantan

Uma parceria entre pesquisadoras do Laboratório de Bacteriologia do Instituto Butantan e da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG) desenvolveram um teste rápido de Covid-19 que foi capaz de detectar em minutos infecções pelo Covid-19 já durante a onda de ômicron no país. O teste feito com tecnologia 100% nacional, ou seja, com insumos desenvolvidos pelas instituições, tornará o produto muito mais barato dos que os vendidos no mercado, já que não depende de importações. 

 

O teste rápido detecta proteínas do SARS-CoV-2 por meio de amostras coletadas do nariz e da garganta, semelhante a um teste de gravidez. Se aparecer uma faixa vermelha, o resultado é negativo; duas faixas vermelhas indicam o positivo.

 

“Este é um teste imunocromatográfico, de fluxo lateral ou teste rápido, para detecção de antígeno, ou seja, do mesmo padrão disponível atualmente, com o diferencial de ser um teste 100% nacional, desenvolvido por pesquisadores brasileiros e que custa bem menos por unidade”, explica a pesquisadora científica Roxane Maria Fontes Piazza, líder deste e de outros projetos do Butantan que se tornaram referência por desenvolveram anticorpos monoclonais para testes rápidos da dengue, zika e diarreias causadas por diferentes patótipos de Escherichia coli.

 

Além da vantagem de ser uma tecnologia desenvolvida no país, o teste tem outro diferencial importante: o uso de um anticorpo monoclonal feito a partir de uma proteína do nucleocapsídeo, que é uma estrutura interna do SARS-CoV-2 menos sujeita a mutações. Essa particularidade tende a aumentar a acurácia do teste (precisão), ou seja, a união entre os parâmetros sensibilidade (a capacidade que o teste possui em detectar a doença com a menor quantidade de vírus possível) e a especificidade (a detecção exclusiva do vírus do SARS-CoV-2), características que tornam o seu resultado confiável, segundo as cientistas envolvidas na pesquisa.

 

“Optamos por utilizar anticorpos contra a proteína do nucleocapsídeo, pois essa região é a mais conservada do SARS-CoV-2. Portanto, sujeita a menos modificações do que a proteína Spike”, explica Roxane.

 

Os anticorpos monoclonais são um tipo de anticorpo produzido em laboratório capaz de reconhecer apenas uma única região específica. Neste caso, do nucleocapsídeo do vírus SARS-CoV-2, auxiliando no seu reconhecimento e, desta forma, identificando pessoas que estejam infectadas. 

 

O anticorpo monoclonal produzido no Instituto Butantan foi feito especialmente para detectar o coronavírus e suas variantes. O estudo envolveu a geração de anticorpos contra diferentes proteínas recombinantes do SARS-CoV-2, dentre as quais algumas produzidas pelo grupo liderado por Ana Paula Fernandes, coordenadora da Rede Vírus e do CT Vacinas da UFMG.

 

A parceria do Butantan e da UFMG contou também com a participação da pesquisadora do CT Vacinas Fabiana Fioravante Coelho, que gerou a proteína recombinante alvo, feita em laboratório, a partir do nucleocapsídeo do SARS-CoV-2. As pesquisadoras do Butantan injetaram essa proteína em modelos animais e, dessa imunização, captaram as células de defesa produzidas e específicas para essa proteína, unindo-a a uma célula mielomatosa (tumoral). 

 

“Dessa união, obtivemos uma célula, agora denominada hibridoma [uma célula híbrida com características tumorais], produzindo assim um anticorpo monoclonal específico para essa proteína recombinante alvo e de forma ilimitada”, descreve a assistente de pesquisa científica e tecnológica Miriam Aparecida da Silva, especialista em análises clínicas, que participa do estudo. Uma vez gerado o anticorpo, ele foi caracterizado, ou seja, suas propriedades químicas e biológicas foram estudadas e aplicadas na formulação do teste rápido.

 

Teste detecta variantes da ômicron

Além da geração dos anticorpos capazes de diagnosticar o SARS-CoV-2 e suas variantes, o grupo de pesquisa do Butantan também foi responsável por purificar estes anticorpos para, então, enviar as remessas para a UFMG, onde o método foi padronizado para ser produzido em larga escala e validado em amostras clínicas já durante a onda de ômicron, instalada no país desde o começo de 2022. 

 

Roxane destaca que o teste está em fase de validação e, para tanto, já foram analisadas cepas circulantes no país, inclusive a ômicron, no município de Guaranésia (MG), durante a terceira onda de Covid-19 no Brasil. Nesta fase do estudo, as amostras coletadas foram testadas por PCR e também com o teste rápido. O estudo clínico realizado no interior mineiro contou com 77 participantes maiores de 18 anos durante os meses de janeiro e fevereiro de 2022. 

 

“Os dados são preliminares, mas até o presente momento nós tivemos excelente sensibilidade e especificidade, comparável aos testes importados”, destacou Roxane. Segundo a pesquisadora, o resultado é bastante promissor, já que o teste apresentou especificidade de 100% e sensibilidade na faixa de 75%. Em breve, um artigo sobre o tema deverá ser publicado. 

 

Fonte:https://www.atribunadosertao.com.br/noticia/12219/butantan-2-27-06-2022

Variante XM, nova recombinante da ômicron, é encontrada no estado de SP

Recombinante não deve ser motivo de preocupação; maioria dos casos foi identificada em países europeus

Publicado em: 03/06/2022

Uma nova variante recombinante XM da ômicron foi identificada na 20ª semana epidemiológica pela Rede de Alerta das Variantes do SARS-CoV-2, que é coordenada pelo Instituto Butantan. As amostras foram encontradas em um homem de 28 anos, que vive na Grande São Paulo, e em um idoso de 71 anos, morador de São José do Rio Preto, no interior paulista. 

De acordo com o bioinformata da Rede de Alerta Alex Ranieri, ainda não há informações sobre histórico de vacinação e os sintomas relatados pelos dois homens infectados pela variante. 

A XM é uma recombinante entre a linhagem BA.2 da ômicron e sua sublinhagem BA.1.1. Segundo Alex, ainda são poucos sequenciamentos genéticos da XM reportados em todo o mundo.

“Ainda não temos muito o que falar sobre ela porque só existem 41 sequenciamentos genéticos no mundo e a maioria foi encontrada na Alemanha e no Reino Unido”, completou o bioinformata. 

Aumento dos casos 

Nesta semana, a prefeitura de São Paulo voltou a recomendar o uso de máscaras em locais fechados e escolas, seguindo a orientação do governo estadual, por conta do aumento na positividade dos testes rápidos antígenos para Covid-19. Entre 24 e 30 de abril a taxa era de 4% e, em 30 de maio, a positividade subiu para 18%.

A Secretaria Municipal de Saúde de São Paulo (SMS-SP) registrou aumento das notificações de síndrome gripal e de casos confirmados da Covid-19 a partir da última semana de abril. Na primeira semana de maio, a secretaria identificou aumento de casos de síndrome respiratória aguda pelo vírus do SARS-CoV-2 e aumento de casos em crianças e adolescentes.

Outras variantes recombinantes 

Desde março, a Rede de Alerta vem identificando variantes recombinantes em amostras sequenciadas no estado de São Paulo. A XE foi a primeira a ser encontrada em um homem de 39 anos, morador da cidade de São Paulo e com esquema vacinal completo. A XE é uma combinação das variantes BA.1 e BA.2. 

Em maio, foram duas recombinantes encontradas pela rede. A XQ, que foi encontrada em amostras de um casal sem esquema vacinal completo, ou seja, sem a terceira dose da vacina na cidade de São Paulo; e a XG, que foi identificada em amostras coletadas de uma mulher de 59 anos, moradora do bairro da Penha na cidade de São Paulo.

É importante ressaltar que essas variantes recombinantes não devem ser motivo para preocupação, mas a população deve aumentar as medidas de proteção dado o aumento de casos registrados. 

“As pessoas não precisam ficar apreensivas com essas recombinantes porque é um processo do vírus que acontece naturalmente. É importante continuar com as medidas de precaução como o uso de máscaras em lugares fechados, lavagem das mãos, uso de álcool gel e seguir a vida tranquilamente”, disse a bioinformata da Rede de Alerta das Variantes, Gabriela Ribeiro.

Fonte:https://butantan.gov.br/noticias/variante-xm-nova-recombinante-da-omicron-e-encontrada-no-estado-de-sp